Et stort antal afghanere, nogle af dem med hollandsk statsborgerskab, blev efterladt under kaotisk evakuering.
Hollands udenrigsminister, Sigrid Kaag, er torsdag aften trådt tilbage.
Et flertal i parlamentets underhus mener, at hun bærer skylden for en kaotisk og rodet evakuering fra Afghanistan i august.
Her skulle ansatte på den hollandske ambassade samt et antal afghanere, der har arbejdet for hollænderne, hurtigt hjælpes ud af landet.
Kaag har ansvaret for, at regeringen reagerede for langsomt på Talibans fremmarch, mener oppositionen og et tidligere koalitionsparti.
Hun skulle også som udenrigsminister have sørget for sikker passage til lufthavnen for tusinder af afghanere, der kunne være berettigede til at få asyl i Holland, lyder kritikken.
- Kammeret har afgjort, at regeringen handlede uansvarligt. Så jeg kan ikke gøre andet end at acceptere konsekvenserne, siger Kaag torsdag aften i parlamentet.
78 medlemmer stemte imod hende, mens 72 var på hendes side.
- Ministeren må gå af, hvis hendes politik er blevet afvist, fortsætter Kaag.
Hollandske militærfly hentede omkring 2100 mennesker ud af Afghanistan i de sidste to uger af august. Nogle af dem blev bragt til Afghanistans nabolande, mens næsten 1700 havde Holland som den endelige destination.
Men hundredvis af hollandske statsborgere - de fleste med afghansk baggrund - og et ukendt antal afghanere, der har arbejdet for hollænderne - kunne ikke komme frem til lufthavnen i Kabul. De blev dermed efterladt i Afghanistan.
Sigrid Kaags afgang kommer en dag efter, at hendes britiske kollega, Dominic Raab, blev fyret som udenrigsminister på grund af sin håndtering af krisen i Afghanistan.
Sigrid Kaag bliver siddende på posten som partileder for sit centrum-venstreparti, D66, skriver avisen De Telegraaf.
Partiet blev næststørst ved valget i marts. Det er ved at forhandle med fungerende premierminister Mark Rutte om at indgå i en regeringskoalition.
Kaag havde indtil torsdag titel af fungerende udenrigsminister, idet en regering endnu ikke er på plads.
Det er endnu uklart, om hendes afgang fra posten som udenrigsminister får konsekvenser for regeringsdannelsen.
/ritzau/Reuters
