Wolfsburg var klart bedst mod Dortmund efter pausen, men måtte lørdag alligevel gå fra banen uden point efter et sent mål af Serhou Guirassy.
Danskerkolonien i Wolfsburg tabte hjemmekampen mod topholdet 1-2.
Wolfsburg havde Christian Eriksen og landsmanden Adam Daghim i startopstillingen, og de gik skuffet til pause.
Sent i første halvleg pandede Dortmunds Julian Brandt ved forreste stolpe bolden i netmaskerne på et hjørnespark.
Det satte gang i et chanceorgie for Dortmund, som imidlertid ikke formåede at udnytte sit momentum videre.
Tidligere i opgøret skulle Wolfsburg-angriberen Mohamed Amoura have bragt sit hold foran.
Algerieren havde frit løb ned mod mål, da han prikkede læderet forbi målrammen.
Det var ingenlunde den eneste gang i løbet af kampen, at Wolfsburgs ligatopscorer svigtede foran kassen.
Efter pausen modtog Daghim et gult kort for en stempling, inden Konstantinos Koulierakis bragte balance i regnskabet på en serv fra Maximilian Arnold.
Jesper Lindstrøm kom på banen for Wolfsburg efter lidt mere end en times spil, men det endte i et noget usynligt indhop.
Serhou Guirassy gjorde det, han er kendt for, da han få minutter før tid afgjorde kampen med en flad afslutning.
Efter spil og chancer var det ikke fortjent, men det udstillede en stor akilleshæl for Wolfsburg, der i snit lukker over to mål ind per kamp.
Med sejren har Dortmund blot tre point op til førerholdet Bayern München, der dog har en kamp i hånden.
Efter tre nederlag i træk er Wolfsburg omvendt en del af en meget tæt nedrykningskamp.
Jens Stage spillede 90 minutter for Werder Bremen, der på udebane tabte 0-1 til Freiburg.
Bremen, der roder rundt i bunden af tabellen, var ellers i overtal i stort set hele anden halvleg.
William Bøving så med fra bænken, da hans arbejdsgiver, Mainz, på hjemmebane vandt 2-0 over Augsburg.
Med den tredje sejr på stribe rykker Mainz et stykke væk fra nedrykningspladserne og op på 13.-pladsen.
/ritzau/