Den officielle forklaring var et voldsomt maveonde - dysenteri.
En forklaring, der lyder særdeles plausibel i betragtning af den store nedtur den lille italiener fik på etapen fra Courchevel til Morzine, meldingerne om hans helbred undervejs - og den kendsgerning, at maveonde har floreret voldsomt i feltet i år.
Men tidspunktet, hvor tilbagetrækningen blev annonceret, fik straks fart i spekulationer om, at han havde fået et tip om en forestående blodkontrol - og derfor straks havde fået sit navn fjernet fra deltagerlisten til årets løb.
Mercatone Uno annoncerede nemlig tilbagetrækningen midt om natten mellem tirsdag og onsdag - så sent, at den store franske sportsavis, l'Equipe, kun nåede at få tre linier med nyheden med i onsdagsavisen.
Onsdag morgen mødte "vampyrerne" fra den internationale cykelunion, UCI, mellem klokken syv og otte op og tog blodprøver på i alt 13 ryttere - heraf de ni øverste i det samlede klassement.
Marco Pantani var netop på vej tilbage til toppen af international cykelsport efter at han sidste forår på næstsidste dag af Giro d'Italia blev fældet med en for høj hæmatokritværdi, da UCI-"vampyrerne" kontrollerede top-ti i det samlede klassement.
Ingen danske ryttere var iblandt de 13, der blev kontrolleret - og ingen ryttere havde en hæmatokritværdi over de forbudte 50.
Andre forlydender gik på, at Pantani ville hjem for at undgå en udmarvende konflikt med Lance Armstrong, der nåede til offentlighedens kendskab tirsdag på hviledagen i Courchevel.
De to har ellers nærmest kørt parløb undervejs - ivrigt snakkende i feltet - og havde indtil tirsdag ikke forsømt nogen lejlighed til at rose hinanden undervejs.
Men så trådte Armstrong frem på et pressemøde på hviledagen mandag og omtalte Pantani som "Elefantino" - et særdeles nedladende øgenavn for italieneren rytterne imellem.
"Det var en fejl af mig at give Pantani sejren på Mont Ventoux. Jeg måtte foretage et hurtigt valg, da vi kom sammen op til toppen - og jeg valgte forkert.
Jeg har stor beundring for Pantani - og den dag havde han udvist en utrolig moral ved at komme tilbage til spidsen af feltet, selvom han var brudt sammen flere gange på vej op.
Jeg ville belønne hans mod og udholdenhed, men det var en fejl. Det forstod jeg for sent. Sejren skal altid tilfalde den bedste - og på Mont Ventoux var jeg den bedste, ikke "Elefantino"," sagde amerikaneren, der ikke ville uddybe sit stemningsskift yderligere.
Men amerikanske pressekilder hævder, at der var indgået en aftale mellem US Postal og Mercatone Uno om at holde sammen og hjælpe hinanden - en aftale italienerne så åbenbart brød, da Pantani fløj fra alle, Armstrong inklusive, på etapen søndag til Courchevel.
Den forklaring virker plausibel i betragtning af Pantanis øjensynligt hovedløse, tidlige udbrud på tirsdagsetapen til Morzine. Et udbrud, der smadrede US Postal-holdet, gavnede konkurrenterne, kostede Armstrong et tidstab på over halvandet minut til Jan Ullrich - men også endte med at Pantani brød totalt sammen og kom i mål 13,44 minutter efter vinderen Richard Virenque.
Derfor går forklaringerne på, at Pantani endnu ikke har overskuddet til at tåle Armstrongs hævn - både verbalt og fysisk. Og derfor valgte at drage hjem til hjemmet i Cesenatico og den danske samlever Christina Jønsson.
Armstrong, der foretrækker at tale engelsk, slog pludselig over i italiensk, da han hørte om Pantanis hjemrejse.
"Elefantino a la Casa (Elefanten er hjemme, red.)", var hans første reaktion til nyheden.
"Jeg er overrasket over at Pantani rejste hjem. Men jeg er sådan set ligeglad. Han er en "anderledes" mand. Ingen forstår helt, hvad han tænker," tilføjede han.
Pantani undlod at gå ind i polemik med Armstrong, da han forlod holdets hotel onsdag morgen.
"Jeg undskylder, at jeg ikke fuldfører Tour'en. Jeg ville ellers gerne have været til Paris for at ære Armstrong, som er den stærkeste rytter i dette års Tour. Jeg forsøgte alt for at knække ham. Næste år kommer jeg tilbage i bedre form og vil forsøge at vinde løbet igen," sagde han.