Peter Sørensen udtrykker samtidig sin dybeste medfølelse for Jan Trøjborgs nærmeste.

Jan Trøjborg var gift med designer Janne Lindgaard Trøjborg fra 1998 til 2010. Parret fik to børn sammen, og Jan Trøjborg havde også to børn fra et tidligere ægteskab. 

Han efterlader sig de fire børn - to drenge og to piger, og sin kæreste Lone Blume.