Overgrebet skete på et tidspunkt mellem 1. april 2003 og 1. august 2005. Her brugte John Knudsen ifølge anklageskriftet sin båd, der lå i lystbådehavnen i Sønderborg, til at misbruge en pige.
Ifølge anklageskriftet befølte han pigen på kønsdelen, ligesom han stak sine fingre eller hånd op i skeden på pige, der på det tidspunkt var mellem 9 år 12 år gammel.
John Knudsen er også tiltalt for besiddelse af betydelige mængder børneporno.
Da han 27. september 2009 om formiddagen kvalte Kirsten Bay Andersen, bandt hendes lig til en blyklods og smed det i Haderslev Fjord, var han ifølge anklageskriftet i besiddelse af ca. 1900 filer indeholdende utugtige fotografier af personer under 18 år.
Anklageskriftet afslører også, at John Knudsen optog sexovergrebene på Kirsten Bay Andersen med en mobiltelefon. Han optog blandt andet, hvordan han barberede hende i skridtet.
